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Conservazione digitale della fattura elettronica: obblighi, scadenze e sanzioni

Dott. Federico Migliorini
Commercialista | Fiscalità Internazionale
8 min di lettura
In sintesi

Guida alla conservazione digitale della fattura elettronica: scadenze, marca temporale, bollo sui registri, sanzioni e controlli del Fisco.

Il processo di conservazione digitale delle fatture elettroniche e dei registri contabili deve concludersi entro tre mesi dal termine di presentazione della dichiarazione dei redditi, ai sensi del D.M. 17 giugno 2014. Analisi completa di regole tecniche, marche temporali, imposta di bollo e profili sanzionatori.


La conservazione digitale della fattura elettronica è il processo informatico regolamentato dal D.M. 17 giugno 2014 che garantisce il valore legale e fiscale dei documenti informatici nel tempo, assicurandone autenticità, integrità, leggibilità e reperibilità. L’obbligo riguarda sia le fatture emesse sia quelle ricevute in formato XML e transitate attraverso il Sistema di Interscambio (SdI), vietando tassativamente la stampa e l’archiviazione cartacea ai fini tributari.

La procedura si applica all’intero perimetro aziendale e professionale e deve concludersi tassativamente entro tre mesi dalla scadenza del termine di presentazione della dichiarazione dei redditi dell’anno di riferimento, con una durata minima di conservazione fissata a dieci anni. L’inadempimento espone i contribuenti alle sanzioni amministrative previste dall’articolo 9 del D.Lgs. n. 471/1997 e al rischio di disconoscimento della deducibilità dei costi in sede di accertamento tributario induttivo.

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Quadro normativo e soggetti obbligati alla conservazione sostitutiva

La conservazione digitale della fattura elettronica è la procedura informatica regolamentata dal D.M. 17 giugno 2014 e dal Codice dell’Amministrazione Digitale (D.Lgs. n. 82/2005) che attribuisce valore legale e fiscale ai documenti nativi digitali. L’impianto normativo sancisce il completo superamento della stampa cartacea, vietando la conservazione fisica dei file per l’assolvimento degli obblighi tributari. Un documento elettronico stampato su carta perde la sua validità giuridica di originale, degradando a mera copia semplice non opponibile all’Amministrazione Finanziaria in sede di verifica. Per conservare la capacità probatoria ai sensi dell’articolo 21 del DPR n. 633/1972, il file deve essere gestito e archiviato esclusivamente nel suo formato strutturato originario XML.

L’ambito soggettivo dell’obbligo di conservazione sostitutiva coincide con la totalità dei soggetti passivi IVA che effettuano cessioni di beni e prestazioni di servizi sul territorio nazionale. La disciplina si applica uniformemente alle operazioni tra soggetti B2B (business to business), verso consumatori finali B2C (business to consumer) e verso la Pubblica Amministrazione. A seguito dell’introduzione dell’obbligo generalizzato di fatturazione elettronica disposto dall’articolo 1, comma 909, della Legge n. 205/2017, la conservazione a norma riguarda sia i file XML delle fatture emesse sia quelli delle fatture ricevute, incluse le note di variazione e i dati relativi alle operazioni transfrontaliere inoltrati tramite il Sistema di Interscambio.

Per garantire la validità fiscale nel tempo, il processo di conservazione deve soddisfare quattro requisiti fondamentali stabiliti dalle Regole Tecniche AgID: autenticità dell’origine, integrità del contenuto, leggibilità e reperibilità. L’autenticità e l’integrità sono assicurate dall’immodificabilità del documento XML e dall’apposizione della firma digitale qualificata, mentre la leggibilità deve essere garantita per tutto il periodo di conservazione obbligatoria. La normativa impone di mantenere gli archivi informatici consultabili ed estraibili per almeno dieci anni, conformemente all’articolo 2220 del Codice Civile e all’articolo 39 del DPR n. 633/1972, ponendo il sistema a disposizione degli organi di controllo durante le verifiche fiscali.

Scadenze e termini per il completamento del pacchetto di archiviazione

Il termine ultimo per completare la conservazione digitale della fattura elettronica è fissato dall’articolo 7, comma 4-ter, del D.L. n. 357/1994. La norma stabilisce che il processo di archiviazione sostitutiva dei documenti informatici fiscalmente rilevanti deve concludersi entro tre mesi dalla scadenza del termine di presentazione della dichiarazione dei redditi relativa al periodo d’imposta di riferimento. Per un esercizio coincidente con l’anno solare, la scadenza del processo di conservazione non segue la fine dell’anno solare d’emissione del documento, ma si sposta in avanti in funzione della data limite di invio del Modello REDDITI (scadenza ordinariamente fissata al 31 ottobre dell’anno successivo a quello di competenza).

L’attuale disciplina rappresenta un profondo snello organizzativo rispetto all’assetto previgente. Fino al 26 giugno 2014, le disposizioni fiscali imponevano l’apposizione del riferimento temporale opponibile a terzi con cadenza almeno quindicinale, generando rilevanti appesantimenti gestionali. L’integrazione introdotta dal D.M. 17 giugno 2014 ha armonizzato la tempistica alla gestione annuale a pacchetto. Oggi il contribuente o il conservatore delegato elabora un unico pacchetto di archiviazione contenente il flusso complessivo dei file XML emessi e ricevuti nel periodo d’imposta, riducendo la frequenza operativa a un unico adempimento annuale concentrato nella finestra successiva all’invio dichiarativo.

Il vincolo temporale dell’archiviazione si intreccia con l’obbligo di conservazione decennale previsto dal Codice Civile e dalle norme tributarie. Le fatture elettroniche conservate devono rimanere accessibili, integramente leggibili ed estraibili per l’intero decennio, fermo restando l’eventuale prolungamento dei termini in presenza di contenziosi o accertamenti pendenti. L’esecutività della procedura entro il termine dei tre mesi post-dichiarazione determina la validità legale dell’archivio in sede di verifica fiscale: la mancata o tardiva chiusura del pacchetto rende i file esposti a contestazioni di inopponibilità temporale, inficiando la regolarità della tenuta contabile ai fini dell’imposta sul valore aggiunto e delle imposte sui redditi.

Il processo tecnico di conservazione e le soluzioni disponibili

La corretta esecuzione del processo di conservazione digitale della fattura elettronica richiede il rispetto rigoroso dello standard tecnico definito dal D.P.C.M. 3 dicembre 2013 e dalle Linee Guida AgID. L’iter operativo si articola in sequenza: l’acquisizione informatica dei file XML transitati dallo SdI, la verifica di conformità della struttura e dei sigilli digitali, e la successiva indicizzazione del documento. Quest’ultima fase impone la registrazione minima dei metadati identificativi obbligatori per legge: cognome e nome o ragione sociale di cedente e cessionario, rispettivo codice fiscale o partita IVA, data di emissione e numero univoco del documento informatico.

La messa in sicurezza giuridica dell’archivio si realizza con la creazione del Pacchetto di Archiviazione (PdA). Tale contenitore logico riassume l’insieme dei Pacchetti di Versamento trasmessi nel periodo d’imposta e viene chiuso formalmente dal Responsabile della Conservazione. L’immodificabilità e il valore legale dell’archivio sono garantiti dall’apposizione congiunta della firma digitale qualificata (o sigillo elettronico qualificato) del responsabile e di una marca temporale (riferimento temporale opponibile a terzi). Questo sigillo crittografico cristallizza il contenuto nel tempo, impedendo qualsiasi alterazione successiva dei file XML indicizzati.

Operativamente, i contribuenti possono assolvere l’obbligo di conservazione scegliendo tra diverse opzioni tecnologiche: il servizio gratuito fornito dall’Agenzia delle Entrate, moduli integrati nei software gestionali aziendali o l’esternalizzazione a conservatori accreditati AgID. Il servizio gratuito dell’Agenzia delle Entrate richiede la preventiva adesione all’accordo di servizio nell’area riservata “Fatture e Corrispettivi” e prende in carico automaticamente tutti i file XML transitati tramite SdI. Tuttavia, la soluzione pubblica gestisce esclusivamente le fatture elettroniche, lasciando scoperto l’obbligo di conservazione degli altri documenti fiscali digitali e dei registri contabili.

L’adozione di un software di contabilità privato o l’affidamento a un conservatore esterno accreditato AgID garantisce invece una copertura contabile completa. Questi sistemi gestiscono in un unico ambiente di archiviazione sia le fatture elettroniche sia i libri contabili, l’imposta di bollo e le dichiarazioni fiscali. La scelta della modalità applicativa deve valutare il grado di complessità aziendale, i volumi documentali e la necessità di integrare la conservazione sostitutiva direttamente con le scritture della partita doppia.

Confronto delle soluzioni di conservazione digitale

Soluzione tecnologica Perimetro di copertura Adempimenti a carico del contribuente Idoneità operativa
Portale Agenzia delle Entrate Esclusivamente fatture XML (emesse e ricevute via SdI). Sottoscrizione preventiva dell’accordo di servizio online. Regimi forfettari e micro-imprese con sola fatturazione SdI.
Software Gestionale Interno Fatture XML, note di variazione, libri e registri contabili. Configurazione metadati e chiusura annuale dei pacchetti. PMI e professionisti con gestione contabile diretta.
Conservatore Accreditato AgID Tutti i documenti informatici tributari e rilevanti ai fini CAD. Delega formale del ruolo di Responsabile della Conservazione. Strutture societarie complesse e volumi documentali elevati.

I punti da presidiare nella conservazione digitale

Nella prassi professionale e durante i controlli dell’Amministrazione Finanziaria, l’adempimento della conservazione a norma rivela insidie operative che vanno ben oltre la semplice trasmissione della fattura al Sistema di Interscambio. Di seguito analizziamo i tre punti di maggiore criticità tecnica rilevati sul campo, laddove l’errore procedurale rischia di invalidare l’intero archivio informatico.

L’illusione dell’adesione tardiva al servizio gratuito dell’Agenzia delle Entrate

Un errore estremamente diffuso tra i contribuenti è ritenere che l’obbligo di conservazione sia automaticamente assolto per il solo fatto che i file XML transitino attraverso il Sistema di Interscambio. Nella nostra esperienza professionale, incontriamo spesso aziende che non hanno attivato la preventiva convenzione sul portale “Fatture e Corrispettivi”. Il servizio gratuito dell’Agenzia delle Entrate non è retroattivo: la conservazione decorre esclusivamente dalla data di accettazione dell’accordo di servizio. Le fatture emesse e ricevute antecedentemente a tale firma rimangono escluse dal processo pubblico e, se non prese in carico da un software privato entro i tre mesi successivi alla dichiarazione dei redditi, risultano prive di conservazione a norma.

Lo scarto dei pacchetti di archiviazione per errata indicizzazione dell’Esterometro

Un punto di forte criticità riguarda la gestione delle fatture estere passive e dei dati delle operazioni transfrontaliere inoltrati via SdI con i codici tipo documento TD17, TD18 e TD19. Nella pratica professionale riscontriamo frequentemente casi in cui il software gestionale non allinea i metadati di indicizzazione tra l’integrazione/autofattura inviata allo SdI e la fattura originale del fornitore estero. Quando il sistema di conservazione tenta la creazione del Pacchetto di Archiviazione (PdA), l’incongruenza sui campi identificativi del soggetto non residente genera l’impossibilità di chiudere il pacchetto con la firma e la marca temporale. Questo blocca la conservazione dell’intero flusso acquisti esteri, esponendo la società a contestazioni in sede di verifica.

La discrepanza tra data di ricezione SdI e data documento per la detrazione IVA

In sede di verifica fiscale, uno degli aspetti più delicati concerne la non coincidenza tra la data indicata nel campo “Data” del file XML e la data di effettiva ricezione attestata dallo SdI. Un caso ricorrente si verifica a cavallo d’anno: per una fattura datata 28 dicembre ma recapitata dallo SdI il 3 gennaio dell’anno successivo, il diritto alla detrazione IVA sorge esclusivamente nell’anno di ricezione. Qualora l’archivio digitale non conservi in modo inalterabile le metainformazioni delle ricevute di consegna SdI abbinate al documento principale, il verificatore può contestare l’anticipazione indebita della detrazione d’imposta. Presidiare la corretta associazione tra file XML e relative ricevute all’interno del pacchetto conservato è la sola garanzia per tutelare il credito IVA detratto.

Conservazione delle fatture PA e meccanismo del blocco dei pagamenti

La fatturazione elettronica e la successiva conservazione digitale della fattura elettronica nei confronti della Pubblica Amministrazione rappresentano il primo ambito in cui il legislatore ha sancito l’inutilizzabilità del supporto cartaceo. A decorrere dal 6 giugno 2014 per i Ministeri, le Agenzie fiscali e gli enti previdenziali, e dal 31 marzo 2015 per la totalità delle Pubbliche Amministrazioni, sussiste il divieto assoluto di conservare in forma analogica le copie delle fatture emesse verso la PA.

L’infrastruttura tecnica che governa il transito e l’archiviazione dei documenti della PA fa capo all’Agenzia delle Entrate in qualità di gestore del Sistema di Interscambio (SdI), che opera avvalendosi delle strutture tecnologiche di SOGEI (Società Generale di Informatica S.p.A.). L’Agenzia delle Entrate coordina la piattaforma con i sistemi informativi della fiscalità pubblica, sovrintende al controllo tecnico della gestione e garantisce la vigilanza sul trattamento dei dati. Questo monitoraggio sistematico consente l’integrazione diretta dei flussi informativi con i meccanismi di controllo della finanza pubblica e con le banche dati della riscossione.

La tracciabilità integrale delle fatture della PA veicolata dallo SdI permette l’applicazione rigorosa della disciplina del blocco dei pagamenti prevista dall’articolo 48-bis del DPR n. 602/1973. Le Pubbliche Amministrazioni e le società a prevalente partecipazione pubblica, prima di erogare pagamenti d’importo superiore a 10.000,00 euro, hanno l’obbligo di verificare telematicamente se il beneficiario risulti inadempiente all’obbligo di versamento derivante da cartelle di pagamento notificate per un ammontare complessivo pari o superiore a tale soglia. In caso di esito positivo della verifica, la PA sospende il pagamento e segnala l’inadempienza all’Agente della Riscossione per l’avvio delle azioni esecutive.

Imposta di bollo sui registri contabili e sulle fatture elettroniche

La dematerializzazione dei documenti fiscali modifica sostanzialmente le modalità di assolvimento dell’imposta di bollo. Per le fatture elettroniche in formato XML addebitate senza applicazione dell’IVA (operazioni esenti, non imponibili o fuori campo) di importo superiore a 77,47 euro, l’imposta di 2,00 euro si assolve mediante specifica annotazione di virtualizzazione nel tracciato trasmesso allo SdI. L’Agenzia delle Entrate rende noti gli elenchi trimestrali delle fatture soggette a bollo nell’area riservata “Fatture e Corrispettivi”, consentendo il versamento cumulativo periodico. Per le regole di calcolo e i codici tributo delle scadenze trimestrali, si veda l’approfondimento sulle modalità di versamento del bollo virtuale F24.

Un passaggio essenziale riguarda l’imposta di bollo dovuta sui libri e registri contabili tenuti su supporto informatico e sottoposti a conservazione digitale (ai sensi dell’articolo 6 del D.M. 17 giugno 2014). A differenza dei documenti cartacei, per i quali il tributo è commisurato al numero di pagine (16,00 euro ogni 100 pagine), per i registri informatici l’imposta di bollo si calcola nella misura fissa di 16,00 euro ogni 2.500 registrazioni o frazione di esse. L’assolvimento deve avvenire esclusivamente in via telematica, mediante versamento con Modello F24 in un’unica soluzione, entro il termine di 120 giorni dalla chiusura dell’esercizio sociale.

Ai fini del calcolo della soglia, la risoluzione dell’Agenzia delle Entrate n. 161/E/2007 ha chiarito che per registrazione si intende ogni singolo “accadimento contabile“, prescindendo dal numero di righe di dettaglio che lo compongono. Nel libro giornale, ciascun accadimento corrisponde a ogni singola operazione rilevata in partita doppia (articolo composto da uno o più conti in dare e avere). Nel libro degli inventari, l’accadimento contabile va invece riferito alla registrazione relativa a ciascun singolo cespite o voce dell’attivo/passivo, oltre alla nota integrativa. L’errata determinazione delle registrazioni o il ritardo nel versamento espone il contribuente alle sanzioni previste dal D.P.R. n. 642/1972.

Sanzioni amministrative e conseguenze per la mancata conservazione

L’omessa, tardiva o irregolare esecuzione della conservazione digitale della fattura elettronica espone il contribuente a un severo quadro sanzionatorio. La mancata conservazione dei documenti informatici secondo le regole tecniche stabilite dal CAD e dal D.M. 17 giugno 2014 integra la violazione degli obblighi relativi alla tenuta della contabilità. Ai sensi dell’articolo 9 del D.Lgs. n. 471/1997, l’irregolare o incompleta tenuta e conservazione delle scritture contabili e dei relativi file XML comporta l’applicazione di una sanzione amministrativa pecuniaria che varia da 1.000 a 8.000 euro, graduata dall’organo verificatore in ragione della gravità delle omissioni commesse.

Le conseguenze sul piano fiscale travalicano l’ambito puramente sanzionatorio pecuniario. Qualora in sede di verifica o di accesso della Guardia di Finanza le fatture passive o i registri contabili non risultino reperibili ed estraibili dall’archivio digitale a norma, l’Ufficio procede al disconoscimento della detrazione dell’IVA e alla contestazione della deducibilità dei costi indicati nelle fatture non conservate. La mancata esibizione dei file XML conservati impedisce infatti di comprovare l’effettività dell’operazione e l’inerenza del costo, comportando il recupero dell’imposta d’atto e delle imposte dirette, unitamente alle sanzioni per infedele dichiarazione.

I rischi più rilevanti si verificano quando le irregolarità commesse nella conservazione dei documenti digitali sono tali da compromettere l’attendibilità complessiva della contabilità aziendale. In tale scenario, l’Amministrazione Finanziaria è legittimata a prescindere dalle scritture contabili ed effettuare l’accertamento induttivo del reddito d’impresa e dell’imponibile IVA, ai sensi dell’articolo 39, secondo comma, del DPR n. 600/1973 e dell’articolo 55 del DPR n. 633/1972. Per una disamina approfondita sui presupposti dell’intervento presuntivo del Fisco, consulta la nostra analisi sui presupposti per l’accertamento induttivo dei redditi.

Domande frequenti

Qual è la scadenza esatta della conservazione per l’anno d’imposta 2024?

La conservazione per l’anno 2024 scade il 31 gennaio 2026. L’articolo 7, comma 4-ter del D.L. n. 357/1994 fissa il termine entro 3 mesi dalla scadenza di presentazione della dichiarazione dei redditi (31 ottobre 2025 per il Modello REDDITI 2025).

Il servizio gratuito dell’Agenzia delle Entrate conserva anche il libro giornale?

No, il servizio dell’Agenzia delle Entrate archivia esclusivamente le fatture elettroniche XML veicolate dallo SdI. Per il libro giornale e gli inventari occorre un software gestionale o un conservatore accreditato AgID ai sensi del D.M. 17 giugno 2014.

Cosa succede se un file XML viene inviato allo SdI ma non portato in conservazione?

Il file perde la validità di documento fiscale originale ed è inopponibile al Fisco. L’irregolarità comporta la sanzione da 1.000 a 8.000 euro (art. 9 D.Lgs. n. 471/1997) e il potenziale disconoscimento della detrazione IVA o della deducibilità del costo.

È consentito stampare e conservare le fatture elettroniche su supporto cartaceo?

No, la stampa cartacea non ha valore tributario per i documenti nativi digitali. L’articolo 21 del DPR n. 633/1972 impone la conservazione in formato elettronico XML per garantire l’autenticità dell’origine e l’integrità del contenuto nel tempo.

Come si calcola l’imposta di bollo sui libri contabili tenuti in formato digitale?

L’imposta è dovuta nella misura di 16,00 euro ogni 2.500 registrazioni (accadimenti contabili), ai sensi dell’articolo 6 del D.M. 17 giugno 2014. Il pagamento va effettuato con Modello F24 telematico entro 120 giorni dalla chiusura dell’esercizio.

Chi riveste il ruolo di Responsabile della Conservazione in azienda?

Nelle PMI e nelle ditte individuali il ruolo coincide di norma con il legale rappresentante o il titolare. È possibile delegare formalmente la funzione a un professionista esterno o a un conservatore accreditato AgID ai sensi delle Linee Guida AgID.

Riferimenti normativi

  • D.Lgs. n. 82/2005 (Codice dell’Amministrazione Digitale)
  • D.M. 17 giugno 2014 (Modalità di assolvimento degli obblighi fiscali)
  • D.P.C.M. 3 dicembre 2013 (Regole tecniche in materia di conservazione)
  • Linee Guida AgID sulla conservazione dei documenti informatici
  • Provvedimento dell’Agenzia delle Entrate del 30 aprile 2018 (e successive modifiche)

Dott. Federico Migliorini
Commercialista | Fiscalità Internazionale

Dottore Commercialista iscritto all’Ordine di Firenze, Tax Advisor e Revisore Legale. Specializzato in Fiscalità Internazionale, aiuto imprenditori e professionisti nella pianificazione fiscale strategica. La gestione delle convenzioni internazionali e i processi di internazionalizzazione d’impresa sono il cuore della mia attività quotidiana. Se hai un dubbio o una questione da risolvere, contattami, troverò le risposte. Richiedi una consulenza personalizzata con me.

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